Der Arzt Dr. Oskar Prieger (1820 - 1897) beauftragte den Architekten und Bonner Stadtbaumeister Paul Thomann mit der Planung der Villa und des Parks. Das Baugesuch wurde am 29. April 1864 bei der Stadt Bonn eingereicht. 1866 wurde die Villa fertiggestellt. Mit der Veröffentlichung im "Architektonischen Skizzenbuch" 1868 wurde sie überregional bekannt. Durch den Sohn, Dr. phil. Erich Prieger (1848 - 1913), gewann die Villa Prieger Bedeutung für die Musikwelt. Als Schriftsteller und Musikwissenschaftler erwarb er zahlreiche Musikhandschriften, unter anderem die Neunte Sinfonie (heute Staatsbibliothek Berlin) und die Sechste Sinfonie "Pastorale" von Beethoven (heute Archiv des Beethovenhauses). Dr. Erich Prieger war Mitbegründer und Förderer des Beethoven-Vereins Bonn. Am 18. Oktober 1944 fiel die Villa einem Bombenangriff zum Opfer. Die Ruine und der Park versanken für 52 Jahre in einen Dornröschenschlaf. 1976 verkaufte die letzte Erbin der Familie Prieger das Grundstück mit Ruine an die Bundesrepublik Deutschland. 1996 erwarb Carl Richard Montag die Ruine samt Park und gestaltete diese in einer Bauzeit von drei Jahren neu, zu einem Ort für seine Stiftungen.

Leitlinie für die Neugestaltung war, die zerstörte Villa nicht historisierend wieder aufzubauen, sondern im Einklang mit den alten Überresten in der Sprache unserer Zeit. Die ursprünglichen Grundrisse und Raumproportionen wurden mit Ausnahme des Musiksaals beibehalten. Die Naturstein-Säulen, Brüstungen und Fenstergewände wurden originalgetreu wieder hergestellt. Alle anderen Bauteile wurden im Sinne der oben genannten Leitlinie gestaltet. Dies gelang nur deshalb in überzeugender Weise, weil der dreijährige Planungs- und Bauprozess von einer vertrauensvollen und kooperativen Zusammenarbeit aller Beteiligten geprägt war. Besondere Verdienste an der Neugestaltung der Villa Prieger hat der Architekt Prof. Peter Schmitz, der in Zusammenarbeit mit dem Künstler Erich Wiesner konsequent immer nach einem Kontext zum Alten suchte und, wie man sieht, auch fündig wurde.

Er ist auch der Architekt des Türmchens, welches als temporärer Bau inzwischen aus dem Park der Villa Prieger nicht mehr wegzudenken ist.